Melatonin er det eneste kjente hormonet som lages og sekreres fra epifysen (fig. 3). Melatoninsekresjon følger døgnsyklusen og regulerer døgnrytme ved å skape trøtthet. Melatoninsekresjon topper seg nattestid og er lavest midt på høylys dag. Interessant i denne sammenhengen er at det ankommer nerveimpulser direkte til epitalamus fra retina. Med andre ord kan dagslyset påvirke melatoninproduksjonen og sekresjonen.
På denne måten ser man for seg at lys- og døgnvariasjoner påvirker døgnrytmen vår gjennom melatonin.
Fig.3 Endokrine kjertler